【保存版】畜産・食品メーカー向け大型補助金「畜産クラスター事業」徹底解説
～最大5億円の設備投資支援。金額目安と「いくら貰えるか」の計算式を完全網羅～

飼料高騰や資材コストの上昇、人手不足など、経営環境が厳しさを増す中で、生産基盤の強化と高付加価値化を目指す事業者を強力にバックアップするのが、国の大型対策「畜産クラスター事業（正式名称:畜産・酪農収益力強化総合対策基金等事業)」です。

本コラムでは、畜産農家はもちろん、地域の畜産物を活用する食品メーカー(ハム・ソーセージ製造、乳業メーカー等)も活用可能な本事業について、最も気になる「補助金額の目安」と「計算ロジック」を中心に、制度の全容を解説します。

---

1. 制度の仕組み:「単独」ではなく「チーム」で申請

この事業の最大の特徴は、個々の企業が単独で申請するのではなく、地域一体となって収益向上を目指す「畜産クラスター」という枠組みで行う点です。

• 畜産クラスター協議会: 畜産農家、乳業者、食肉加工業者、農協、自治体などが連携して設立する協議会です。
• 中心的な経営体: 協議会が策定する計画に基づき、実際に収益力向上に取り組み、補助金の交付対象となる事業者です。

食品メーカーは、地域の農家(中心的な経営体)を支えるパートナーとして協議会に参画し、地域の畜産物の価値を高めるための施設整備を行う「取組主体」となることで、補助金の交付対象となり得ます。

---

2. 結局いくらもらえる? 金額・補助率の目安

補助率は原則として事業費の「1/2以内」ですが、青天井に半額が出るわけではありません。施設(建物)には「基準事業費(坪単価のような上限)」が、機械には「上限額」が設定されています。ここを理解していないと、資金計画が狂うため注意が必要です。

① 施設整備事業:工場や畜舎の建築

加工施設や畜舎の建設・改修を支援します。補助金要望額の上限は、1事業主体あたり単年度で5億円です。

【重要】建築費の計算ルール(基準事業費)

補助対象となる建築費には、国が定める「1㎡あたりの単価上限(基準事業費)」があります。実際の建築費がこれを超えた場合、超過分は全額自己負担となります。

▼ 主な施設の基準単価目安(1㎡あたり)

施設の種類	基準事業費(通常)	特認事業費(条件付※)
畜産物加工施設 (ハム・乳製品工場等)	79,000円	102,000円
肉用牛舎	48,000円	62,000円
乳用牛舎(成牛用)	80,000円	104,000円
豚舎	69,000円	89,000円
鶏舎(ウインドレス)	68,000円	88,000円
堆肥舎(500㎡未満)	71,000円	92,000円
保管倉庫	69,000円	89,000円
バンカーサイロ	10,000円(/㎥)	13,000円(/㎥)

※「特認事業費」とは、地域の実情(資材高騰や寒冷地仕様など)により基準額では建設できないと県知事が認め、国と協議した場合に適用される高い方の上限単価です。

【試算例:1,000㎡の加工施設を建設する場合】

• 国の基準額(通常): 1,000㎡ × 79,000円 = 7,900万円
• 補助金上限目安: 7,900万円 × 1/2 = 3,950万円

＜実際の見積額が1億5,000万円だった場合＞

• 自己負担額 = 1億5,000万円 – 3,950万円 = 1億1,050万円

※昨今の建築費高騰下では、実質的な補助率は見積総額の3～4割程度になるケースも想定して資金計画を立てる必要があります。

② 機械導入事業:加工機械やトラクターなど

生産コスト低減や高付加価値化に必要な機械装置の「購入」または「リース」を支援します。

• 補助率: 事業費の1/2以内
• 対象: 食肉・乳製品加工機械、トラクター、ベーラー、衛生管理機器など。

③ ICT化等機械装置等導入事業(スマート農業枠)

労働時間の10%以上削減を目標とするスマート機器等の導入を支援します。この枠には明確な金額キャップ(上限)があります。

▼ 補助上限額(1経営体あたり)

導入形態	補助上限額
機械装置のみ導入	3,000万円
施設整備と一体的に実施	5,000万円

※補助率は事業費の1/2以内です。

④ 家畜導入(購入補助)

増頭や施設整備と一体的に家畜を導入する場合、購入費の1/2が補助されますが、以下の頭数単価上限があります。

▼ 家畜導入の補助上限額(1頭あたり)

家畜の種類	補助上限額
妊娠牛	27.5万円
乳用・肉用牛(繁殖雌牛)	17.5万円
繁殖雌豚	4.0万円

---

3. 食品メーカーが活用できる「4つの具体的ケース」

本事業は、単なる農場の整備にとどまらず、「加工・流通による付加価値向上」や「輸出拡大」に資する取組も支援対象となります。

1. 枝肉・精肉の加工施設(一次・二次加工)

HACCP対応の「食肉カットセンター」の新築・改修や、自動スライサーの導入など。

2. 乳製品・高付加価値加工品の製造(六次産業化支援)

チーズ、アイスクリーム、ヨーグルト、ハム、ソーセージ等の製造ラインの整備。

3. 海外輸出向けのHACCP対応・生産ライン整備

輸出先(EU、米国等)の規制に適合するための施設改修や、輸出専用ラインの整備。「輸出拡大優先枠」では予算が優先的に配分されます。

4. 直売所・展示・販売施設の整備

工場に併設する「畜産物直売所」や、高付加価値製品の「展示・販売施設」。ただし、取り扱う畜産物の過半が地域の協議会構成員のものである必要があります。

---

4. 申請に向けた「実務上の壁」と突破口

食品メーカーが申請する場合、農家とは異なる注意点があります。

① 「資本金・従業員数」の壁(中小企業要件)

食品メーカーが自ら「取組主体(補助金の受け皿)」となって施設を整備する場合、原則として以下の要件を満たす必要があります。

• 資本金 3億円以下
• 従業員 300人以下
• (上記を超える大企業およびその子会社は原則対象外)

【突破口】

規模要件を超える企業の場合、自社単独で申請するのではなく、地域の農協(JA)や農事組合法人が施設を建設(取組主体となる)し、そこからメーカーが貸付け(リース)を受けるスキーム等を検討する必要があります。

② 「中心的な経営体」と「取組主体」の役割分担

申請書類上、メーカーは「取組主体」として申請しますが、計画書には「この施設ができることで、地域の『中心的な経営体(農家)』の所得がどう向上するか」というストーリーが不可欠です。

③ 成果目標の達成義務

「施設を作って終わり」ではなく、5年以内にその施設による具体的な成果(販売額の増加、生産コスト削減、または営業利益の10%～15%増加など)を数値で証明する義務があります。

---

まとめ:まずは協議会へ相談を

「畜産クラスター事業」は、建設費や機械代の約3～5割(基準額ベースで1/2)を国が支援する、攻めの経営転換を図る絶好のチャンスです。

食品メーカーの皆様におかれましても、地域の「畜産クラスター協議会(事務局は主に自治体や農協)」に参画し、自社のプランが地域の収益向上にどう貢献できるかを提案してみてはいかがでしょうか。

---

※本コラムの金額や要件は、2025年3月時点の公開情報(令和6年度補正予算および令和7年度当初予算案等に関連する要綱・要領)に基づいています。詳細な要件は、都道府県や地域の畜産クラスター協議会へお問い合わせください。

━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

✍️ この記事を書いた人

北條竜太郎｜株式会社アカネサス 代表取締役

老舗どら焼きメーカー・茜丸を再建（22億円の債務を15年で完済）した経験から、

食品メーカー向けコンサルティング会社を設立。

補助金申請・工場設計・システム開発で食品製造業の成長を支援。

【会社実績】

・支援プロジェクト総事業費：363億円

・補助金採択額：126.5億円

・北海道から沖縄まで全国対応

▶ 「うちに使える補助金は？」無料診断を予約する（オンライン30分）

https://timerex.net/s/rhojyo/e76c8415

━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━